El día del intento de golpe de Estado, el 26 de junio, el entonces comandante del Ejército, Juan José Zúñiga, tenía planeado derrocar al presidente Luis Arce, tomar el poder, formar su propio gabinete y convocar a elecciones en un lapso de tres meses, según revelaciones del ministro de Gobierno, Eduardo Del Castillo.
Zúñiga incluso tenía preparado un discurso de posesión y había identificado a los miembros de su gabinete, como el futuro Ministro de Defensa, Tomás Peña y Lillo, cuyo paradero actual es desconocido.
“En las oficinas de Zúñiga (en el Estado Mayor de Miraflores) existirían personas civiles, militares del servicio pasivo que habrían ocupado comandancias de la Octava División de Ejército en Santa Cruz. Ahí estaban planificando el gobierno de Zúñiga. Llegan los militares a esta reunión (entre Zúñiga y otros comandantes) y Zúñiga les dice: ‘Te presento a tal persona, mi Ministro de Defensa; a tal persona, mi Ministro de la Presidencia’. Hemos logrado secuestrar lo que podría ser el discurso de Zúñiga cuando iba a asumir el poder”, reveló Del Castillo, luego de recapitular lo sucedido la tarde del 26 de junio.
La información sobre los planes de Zúñiga fue proporcionada por el excomandante de la Fuerza Aérea Boliviana, Marcelo Zegarra, durante las investigaciones del golpe fallido, donde también se descubrió que la acción militar se había estado preparando desde aproximadamente mayo. Zúñiga había instruido incluso a los conductores de tanquetas para que recibieran entrenamiento en manejo urbano, en previsión de tomar el poder.
El intento de Zúñiga de tomar el control incluía la liberación de presos para ganar apoyo, y se llegó a dar una orden de disparar contra manifestantes cerca del Palacio Quemado y la Casa Grande del Pueblo.
Sin embargo, la insubordinación de algunos oficiales y la negativa de otros militares a seguir órdenes de disparar impidieron la ejecución completa del plan.
Durante la toma de la plaza Murillo, 14 personas resultaron heridas por disparos de balines efectuados por militares, lo que exacerbó el fracaso del golpe. Zúñiga, junto con otros excomandantes militares, fue detenido y encarcelado por seis meses bajo cargos de terrorismo y alzamiento armado.
El intento de golpe de Zúñiga también involucró supuestos contactos con embajadas extranjeras, incluyendo la Embajada Americana, de Libia y de la comunidad europea, según sus propias afirmaciones reveladas en el curso de las investigaciones.